車庫証明の申請

昨夜作ったルシーダの車庫証明申請書を長崎警察に提出。20日の午後に出来上がるとのこと。
いつも申請書を出す時に思うのだが、こうして直接窓口に提出するのと、自家用自動車協会に提出するのとどう違うのだろう？
直接窓口に出せば、証書代だけで済む。自家用自動車協会に出せばそれ以外に「協力金」を取られる。でも、サービス内容は全く同じ。何これ？誰か教えて！